Lähetysseuran paikallinen kumppani on Botswanan evankelisluterilainen kirkko (ELCB). Kirkkoon kuuluu noin 26 000 jäsentä yli 40 seurakunnassa. Lähetysseura tukee kirkon työtä sekä sen hallinnon kehittämistä ja henkilökunnan kouluttamista.
Pitkälti vapaaehtoisten seurakuntalaisten varassa toimiva kirkko keskittyy tavoittavaan ja diakoniseen työhön. Se tukee ihmisiä konkreettisesti vierailemalla sairaaloissa, auttamalla vähävaraisia perheitä ja tukemalla vanhuksia.
Eteläisen Afrikan luterilaisten kirkkojen yhteistyöjärjestö Lucsa (Lutheran Communion in Southern Africa) auttaa jäsenkirkkojaan kehittämään jumalanpalveluselämää, sukupuolten välistä oikeudenmukaisuutta ja paikallista luterilaista identiteettiä myös Botswanassa.
